創立年代は不詳ですが１千年前の延喜式神名帳にすでに大月次新嘗に案上官幣に預る旧社にて大和 四所分水の第一として記され吉野八大神社の一社で俗に子守大明神と申されます。

水分とは「水配」の意味で水を程よく田畑に配分する神様で毎年４月３日に五穀豊穣を祈る御田植 祭が盛大に行われ、その神事は吉野町の無形文化財として指定されています。

当神社が子守の神になった事については、「水分」が「みくまり」「みこもり」「こもり」と転訛 して子供を護る神、子供を授ける神になったといわれています。当神社の本殿は祭神七柱を三つの 社殿に奉祀しその三つの社殿を一つの棟につないだ珍しい建築様式水分造と申されます。

現在の建物は豊臣秀吉が文禄３年に吉野山へ花見に来られた時、当神社に祈願して秀頼が授かりそ のお礼として慶長３年に再建の工を起された後、秀頼が父秀吉の遺志をつぎ建部内匠頭光重を奉行 として慶長９年９月に完成されたもので華麗かつ精巧を極めた桃山時代の代表的神社建造物として 建物全部が国の重要文化財として指定されています。

神社の宝物としては、重文の釣燈籠、神輿、湯釜等秀頼寄進の銘のあるものが社殿に置かれていま す。御祭神の玉依姫命の御神像は日本第一の美女神像といわれ国宝に指定されています。

国学の泰斗として有名な本居宣長はこの子守の社の申し子として名高く宣長の著である菅笠日記に この事がよく書かれています。

今も子供を授ける神、子供を護る神、安産の守護神として世間の信仰を集め全国各地より参詣が 絶えません。

宣長翁が当社へお礼参りの折りに詠まれた歌に

　　　みくまりの神誓いの　なかりせば

　　　　　　　　これのあが身は　生まれこめやも

　　　ちちははの昔想へば　袖ぬれね

　　　　　　　　みくまり山に　雨はふらねど